兩篇文章的對象不同。

諫迎佛骨是寫給皇上看的，當時皇上對迎佛骨已經走火入魔了。不是禮佛不好，但是走火入魔就糟了。
再者，在上位者的一言一行，會起仿效作用，等於帶頭做不良示範。
連皇上都迎佛骨了，那底下的 .... 可能會興起迎佛骨的風潮來拍皇上的LP。

而祭鱷文，對象是當地的一些民俗傳說造成的，如果韓愈不順應當地方風俗祭拜一下鱷魚靈，只怕他在當地會被排斥，更不用說要推行一些什麼政策了。這跟上面其實是兩回事，並不衝突。
並不會因為祭了鱷魚，就引起全國的仿效，有鱷魚的地區不多。相反的可以讓當地人覺得此人是可以被接受的。
簡單講，就是拜碼頭啦。不管你願不願意，入境先問俗。